Así mismo, estas altas abundancias pueden provocar una disminución en la concentración de oxígeno en el agua ocasionando mortandades masivas de organismos que viven en él. Esto aunado a la descomposición tanto de las algas al terminar el FAN como de los organismos muertos que degradan la calidad del agua, liberan gases tóxicos y olores desagradables. Al disminuir la calidad del agua se ven afectadas las actividades de recreación, de negocios y en general la calidad de vida de los pobladores de la zona.

A simple vista no es posible diferenciar entre un FAN que produce toxinas de uno que no es tóxico, ya que no todos los florecimientos que causan una discoloración del agua son tóxicos. Es necesario realizar varios análisis para determinar la especie responsable, así como el tipo y la cantidad de toxinas presentes.