Sin embargo, se tienen documentados casos de intoxicados en los años de 1939 y 1976 en el estado de Oaxaca en la costa del Pacífico Mexicano, pero no se pudo determinar su causa. Un año después del evento de 1979, donde se registraron dos muertes, se inició el monitoreo de especies fitoplanctónicas en el Pacífico especialmente del dinoflagelado Gymnodinium catenatum, productor de toxinas de tipo paralizante. El estudio científico sobre la fenomenología en México, incipiente hasta esos años, también se incrementó después de estos eventos.

Otro brote importante de intoxicación por toxinas de tipo paralizante ocurrió en 1989 en el golfo de Tehuantepec y en consecuencia la secretaria de Salud estableció el Programa Mexicano de Sanidad de Moluscos Bivalvos el cual fue retomado por la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios una vez que se creó esta institución en el 2001. Posterior a estos dos grandes brotes de intoxicación, 600 personas fueron afectadas entre noviembre del 2001 a febrero del 2002 registrándose 6 defunciones en las cotas de Guerreo y Michoacán. En Tabasco se han registrado mortandades masivas de manatíes (2018) y en Oaxaca de tortugas marinas (2016 y 2019) asociadas a intoxicaciones por toxinas. En el 2022 se establecieron diferentes alertas sanitarias y se registró la muerte de peces en varios estados como Yucatán, Tamaulipas, Colima, Sinaloa, por mencionar algunos. Respecto a la salud pública, en el 2020 en Chetumal, 20 personas resultados intoxicadas por ciguatoxinas (ciguatera), dos de ellas fallecieron. Posteriormente, en Oaxaca se registró un FAN del cual una familia de 12 integrantes resulto intoxicada por el consumo de almejas y ocasionó el deceso de dos menores, además de una crisis económica en la comunidad costera por el establecimiento de la veda sanitaria durante dos meses.

La intoxicación paralítica por consumo de mariscos (IPM) es el síndrome más importante de intoxicación en humanos relacionadas a FAN en México. Sin embargo, el número de personas afectadas es difícil de establecer con exactitud ya que varía el número de casos en diferentes reportes. Oficialmente los últimos casos reconocidos de IPM se registraron en el 2015 en Baja California, en donde se reportaron ocho personas intoxicadas en Bahía de los Ángeles después de consumir almejas. En este año se presentó uno de los FAN más importantes registrados en México por sus impactos sobre la salud ambiental y economía costera en el norte del golfo de California.

En Baja California, el incremento de la acuicultura ha estado acompañada con eventos FAN de magnitud importante que han afectado esta actividad. En el 2016 el FAN de una microalga ictiotóxica ocasionó la muerte de atunes en encierros con un impacto económico de aproximadamente 50 millones de dólares. Este cálculo fue reportado por la compañía aseguradora; sin embargo, el impacto independiente del valor del producto (inversión de respuesta de la compañía, pérdidas de mercado y empleos) no se ha caracterizado. Este evento puso en riesgo esta actividad que es la de mayor generación de ingresos en el rubro de acuicultura en el estado y segunda a nivel nacional.

Uno de los eventos más importantes que han afectado al medio ambiente y la economía costera en el estado se registró en el 2015. Un FAN de G. catenatum ocasionó la mortandad masiva de aves y mamíferos marinos y afectó la extracción de almeja generosa en el norte del golfo de California. La prohibición de la extracción de este recurso por la presencia de toxinas por arriba del límite máximo permitido duró aproximadamente 8 meses. Este fenómeno ha sido recurrente presentándose cierres cada año y en enero de 2021 se cerraron varias concesiones para la extracción de almeja generosa. Por otro lado, en el 2020 se presentó un FAN de Lingulodynium polyedra que degradó las condiciones ambientales costeras, causó la muerte masiva de organismos, y afectó la producción de agua potable por medio de desalinización, un problema no registrado anteriormente en México. El mismo año existió una mortandad de mamíferos marinos en el golfo de Ulloa y por la falta de atención adecuada no se pudo determinar si estuvo asociada a la intoxicación por ficotoxinas. El laboratorio FICOTOX colaboró con la Secretaría de Marina y PROFEPA para evaluar esta posibilidad; sin embargo, la toma de muestra no fue realizada a tiempo para poder confirmar esta posibilidad.